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Parmi les effets du changement climatique les plus graves pour le transport maritime : la montée du niveau des océans (jusqu'à 1 mètre dans le scénario d'émissions élevées du GIEC - Groupe d'experts intergouvernemental sur l'évolution du climat) et la plus forte intensité des cyclones et tempêtes tropicales, la combinaison de ces deux facteurs augmentant fortement le risque de submersion des ports. Endommagement des infrastructures, fermetures, rallongement des délais... : les conséquences seraient importantes pour le transport maritime, mais également pour l'ensemble des acteurs de la supply chain. Le rapport de l'ONG EDF affirme que de nombreux ports devront investir massivement pour protéger leurs infrastructures, par exemple en les surélevant, ou pour les déplacer. Des investissements qui, selon ce rapport, peuvent représenter des dizaines de millions de dollars par m². Les inondations au cœur des terres pourraient également affecter les chaînes logistiques et donc le transport maritime.

À l'opposé, les épisodes de sécheresse constituent une menace pour la circulation des navires, notamment dans les canaux, mais aussi pour les infrastructures métalliques et les systèmes de refroidissement des ports.

Le coût total des mesures d'adaptation, de la perturbation des opérations et de l'éventuelle destruction d'infrastructures pourrait monter jusqu'à 10 Md$ par an jusqu'à 2025, puis 25 Md$ par an d'ici 2100, dans l'hypothèse du scénario le plus élevé du GIEC en termes d'émissions.